提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
浙江社会信用体系建设实现再突破******url:https://m.gmw.cn/2023-01/05/content_1303245052.htm,id:1303245052
在1月4日举行的第四届中国城市信用建设高峰论坛开幕式上,第四届“新华信用杯”全国信用案例暨信用应用场景优秀微视频评选结果正式公布,浙江24个信用案例和7个微视频入选并获最佳组织奖,信用案例入选数量居首位。
近年来,浙江省积极开展社会信用体系建设创新探索,把社会信用体系建设作为推动社会治理现代化的重要手段,通过推进全省13个地区“信用+社会治理”试点工作,进一步发挥社会信用建设在服务民生中的重要作用,推动打造共建共治共享的社会治理新格局。在“信用浙江”二十年发展历程中,浙江社会信用体系建设持续创新、不断完善,始终走在全国前列。目前,全省已有10个地区成为全国社会信用体系建设示范区,数量居全国第一。
信用立法是支撑信用体系有效运转的重要基础,也是确保各项信用机制有效落地的关键保障。刚刚过去的2022年,浙江杭州、宁波信用法治建设取得突破性进展。《杭州市社会信用条例》于2022年7月1日正式实施。2022年12月23日,宁波市十六届人大常委会第七次会议审议通过《宁波市社会信用条例》。
此外,2022年11月15日,杭州组织天津、三亚、海口、厦门、宁波、济南、郑州、榆林、黄石等地发展改革委(信用办)共同签署《十市城市信用建设战略合作协议》,通过推进建立跨地区、跨部门、跨领域的信用体系建设合作机制,加强信用信息共享、信用评价结果互认和应用场景共享,深化信用信息共享、监管共治、规则共建、应用共享、品牌共铸等方面的沟通合作,努力成为信用规范建设、守信联合激励、优化信用环境的合作样板。以上两项举措均获评《2022中国城市信用建设年报》中国城市信用建设年度十大成就。
中国城市信用建设高峰论坛是推进社会信用体系建设的全国性高端论坛,曾先后在杭州、福州和济南举办。此次中国城市信用建设高峰论坛以“信用筑基引领发展——让市场更有效让政府更有为”为主题,在广州、北京双会场举办。论坛由国家发展改革委指导,新华通讯社、广州市人民政府主办,新华社中国经济信息社、新华通讯社广东分社、广州市发展改革委、广州市越秀区人民政府承办。(朱昕彦)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)